现任领导

顾晓松:　　 党委常委、书记 　　　　1953 年出生，江苏南通人，中共党员，医学博士，教授，博士生导师。全国人大代表，首届国家青年科学基金获得者，全国优秀教育工作者，全国高校优秀骨干教师，国家有突出贡献的中青年专家，中国解剖学会副理事长，中国解剖学会再生医学分会主任，江苏省高校国家重点学科培育建设点–人体解剖与组织胚胎学学科带头人，省部共建教育部重点实验室神经再生重点实验室主任，获全国五一劳动奖章，享受国务院“政府特殊津贴”。
袁银男： 校长，党委常委，副书记 　　　　　1959年生，江苏省常熟市人，中共党员，教授，博士生导师。教育部优秀骨干教师、江苏省优秀教育工作者。国家内燃机重点实验室学术委员会委员，中国内燃机学会常务理事，中国汽车工程学会汽油机委员会副主任，江苏省汽车工程学会副理事长，江苏省工程热物理学会副理事长，江苏省内燃机学会理事长。
王嘉华: 　　党委常委、副书记（正厅级） 　　　　　 1947 年出生，江苏南通人，中共党员，大学本科，副研究员，党委副书记（正厅级）。江苏省政协委员，南通市纺织工程学会理事长。
戴家隽: 　　 党委常委、副书记、纪委书记 　　　　　 1948 年出生，江苏无锡人，中共党员，大学本科，研究员，硕士生导师，南通大学党委副书记、纪委书记。全国高等医学院校马克思主义教学研究会副理事长，中国心理卫生协会交通分会理事长，中国航海学会航海心理学专业委员会副主任委员，南通市心理卫生学会理事长。
杨礼宾: 　　 党委常委、副书记 　　　　　 1955 年出生，江苏启东人，中共党员，研究生学历，研究员，硕士生导师，党委副书记。江苏省政协委员，南通市党建研究会副会长，南通市大中专毕业生就业协会会长。
陆少林: 　　党委常委、副校长 　　　　　1953 年出生，江苏通州人，中共党员，大学普通班，副研究员，副校长兼医学院院长、附属医院院长。江苏省政协委员，江苏省医院协会副会长。
包志华: 　　 党委常委、副校长 　　　　　 1955 年出生，江苏南通人，中共党员，硕士研究生，教授，硕士生导师，副校长。江苏省重点学科—通信与信息系统学科带头人，教育部高等学校电子信息与电气学科教学指导委员会电子信息科学与工程类专业教学指导分委员会委员。
彭怀祖: 　　 党委常委、副校长 　　　　　 1956 年出生，江苏海门人，中共党员，博士研究生，教授，博士生导师，副校长。教育部高等学校高职高专公共管理类专业教学指导委员会委员。
周建忠:　　 党委常委、副校长 　　　　　 1955 年出生，江苏靖江人，中共党员，博士研究生，教授，博士生导师，副校长。江苏省重点学科—中国古代文学学科带头人，中国屈原学会副会长，江苏省高等教育学会副会长，江苏省教学名师，江苏省有突出贡献中青年专家。
程　纯: 　　 党委常委、副校长 　　　　　 1963 年出生，江苏东台人，中共党员，硕士研究生，教授，硕士生导师，副校长。中华医学会航海医学分会副主任委员，江苏省微生物学会和免疫学会常务理事，江苏省高校医教研究会副理事长。