党委办公室（与校长办公室、保密工作办公室合署）

党委组织部（与党委统战部、党校（社会主义学院）、机关党委合署）

党委宣传部（新闻中心挂靠）

纪委（监察专员办）机关（巡察办公室与纪委办公室合署）

党委教师工作部（与人事处合署）

党委研究生工作部（与研究生院合署）

党委学生工作部（与学生工作处合署）

党委保卫部（与党委人民武装部、保卫处合署）

校长办公室

教务处（与教学质量管理处合署，创新创业教育学院挂靠）

科学技术处（分析测试中心挂靠）

人文社科处

服务地方工作处（与部省共建办公室、大学科技园管理办公室、技术转移中心合署）

人事处（与高层次人才工作办公室合署，教师发展中心挂靠）

研究生院（与学科建设办公室合署）

学生工作处

离退休人员工作处

财务处

监察处

审计处

发展规划处

社会资源处（校友会秘书处、教育发展基金会秘书处挂靠）

国际合作与交流处（与国际教育学院、港澳台事务办公室合署）

国有资产管理处（招投标管理办公室挂靠）

基建处

后勤保障部

保卫处

医学部

工会

团委

图书馆

档案馆（与校史馆合署）（范曾艺术馆挂靠）

杂志社

信息化中心（与网络与信息化管理办公室合署）

继续教育学院（与继续教育管理处、高等教育自学考试办公室合署）

实验动物中心

工程训练中心

附属医院

杏林学院（与启东校区管委会合署）

中国共产党南通大学机关委员会

中国共产党南通大学后勤委员会

中国共产党南通大学离退休工作委员会

中国共产党南通大学图书馆总支部委员会

中国共产党南通大学信息化中心总支部委员会

中国共产党南通大学继续教育学院总支部委员会

中国共产党南通大学附属医院委员会

中国共产党南通大学杏林学院（启东校区管委会）委员会

中国共产党南通大学文学院委员会

中国共产党南通大学理学院委员会

中国共产党南通大学马克思主义学院委员会

中国共产党南通大学经济与管理学院委员会

中国共产党南通大学教育科学学院委员会

中国共产党南通大学外国语学院委员会

中国共产党南通大学化学化工学院委员会

中国共产党南通大学生命科学学院委员会

中国共产党南通大学机械工程学院委员会

中国共产党南通大学信息科学技术学院委员会

中国共产党南通大学电气工程学院委员会

中国共产党南通大学纺织服装学院委员会

中国共产党南通大学医学院委员会

中国共产党南通大学公共卫生学院委员会

中国共产党南通大学体育科学学院委员会

中国共产党南通大学艺术学院委员会

中国共产党南通大学地理科学学院委员会

中国共产党南通大学交通与土木工程学院委员会

中国共产党南通大学药学院委员会

中国共产党南通大学神经再生重点实验室（神经科学系）总支部委员会

中国共产党南通大学特种医学研究院（航海医学系）总支部委员会

中国共产党南通大学张謇学院直属支部委员会