党委部门
行政部门
服务地方工作处（与部省共建办公室、大学科技园管理办公室、技术转移中心、知识产权运营中心合署）
学生工作处（心理健康教育研究与服务中心挂靠）
教师教育管理处（与教师教育学院合署）
群团组织
直属（附属）单位
基层党组织
中国共产党南通大学历史文化学院（法学院）总支部委员会
中国共产党南通大学数学与统计学院总支部委员会
中国共产党南通大学物理科学与技术学院总支部委员会
中国共产党南通大学商学院(管理学院)委员会
中国共产党南通大学护理与康复学院总支部委员会
中国共产党南通大学锡耶纳未来生物技术学院直属支部委员会
