1912年3月，张謇借南通城南庙宇籍仙观创办私立南通医学专门学校，这是国人最早创办的私立高等医学院校之一，是我国民办高等医学教育本土化的发端。1912年4月，张謇在南通唐闸借资生冶厂创办南通纺织染传传习所，同年秋改称南通纺织学校，次年定名为南通纺织专门学校。这是中国最早独立设置的纺织专科院校。张謇（1853-1926），字季直，号啬庵，清末状元。中国近代著名爱国实业家、教育家，立宪运动领袖。辛亥革命后，促进民主共和，拓展地方自治。1853年出生于江苏海门常乐镇一个小瓷商兼治小农的家庭。1868年考中秀才，1885年顺天府乡试考中举人，1894年考中恩科状元，授翰林院修撰。1904年，清政府赏三品衔，任商部头等顾问官。1909年当选为江苏咨议局议长。1911年当选为中央教育会长、江苏临时议会议长，同年任江苏两淮盐政总理。1912年任中华民国临时政府实业总长。1913年任民国北京政府农商总长，1914年任民国北京政府全国水利总局总裁。曾应聘主持赣榆选青书院（1888）、崇明瀛洲书院（1893）、安庆经古书院（1896）、江宁文正书院（1896）等传统教育机构。1912年张謇与其兄创办了私立

1928年6月，张孝若先生召集私立南通医科大学、私立南通纺织大学和1919年定名的私立南通农科大学的教职工和学生代表，召开私立南通大学筹备委员会预备会。1928年9月，私立南通大学筹委会召开第五次会议，决定将三所学校合并，组建私立南通大学。农、医、纺三所大学，分别为私立南通大学的农科、医科、纺织科。并上报当时的南京国民政府教育部备案待批。

南京国民政府于1929年颁布的《大学组织法》规定：大学分为文、理、法、农、工、商、医等学院，具备上述三所以上的高校，有资格称大学。私立南通大学纺织科不在规定范围内，1930年南京国民政府教育部令“先准以南通学院名义立案，俟具备三学院呈部核准后再恢复旧名”。同年11月，私立南通大学遂更名为私立南通学院。

1952年8月，华东军政委员会教育部制定《华东区高等学校院系调整方案》（草案）。方案规定：南通学院农科独立改设苏北农学院，迁至扬州；纺织科纺织、染化二系调整至华东纺织工学院；医科独立改设苏北医学院，设于南通学院原址。公立苏北医学院于1956年更名为“南通医学院”，1957年更名为“苏州医学院南通分部”，1958年恢复“南通医学院”校名。

1958年，南通师范专科学校建立建，1962年停办。1976年，以“扬州师范学院南通分院”为名招生。1979年，更名为“南通师范专科学校”。1959年，成立南通教师进修学院，1963年停办。1979年11月，建立“南通地区教师进修学院”和“南通市教师进修学院”。1983年，南通地、市教师进修学院合并，随之更名为“南通教育学院”。

1952年全国院系调整，私立南通学院纺织科停办，1977年复办，以“南京工学院南通分院”为名招生。1979年更名为“南通工业专科学校”，1980年更名为“南通纺织专科学校”，1985年升格为“南通纺织工学院”，1995年更名为“南通工学院”。

1999年，经教育部批准，南通师范专科学校与南通教育学院合并组建南通师范学院。

2004年5月，教育部正式批准南通医学院、南通工学院、南通师范学院合并组建南通大学。2004年11月28日，学校举行揭牌庆典大会。

2013年7月19日，国务院学位委员会发文，南通大学被增列为博士学位授予单位。