文学院（楚辞研究中心、张謇研究院挂靠）

理学院

马克思主义学院（南通廉政研究中心、江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心南通大学基地挂靠）      

经济与管理学院（与江苏长江经济带研究院合署）

教育科学学院

外国语学院

化学化工学院

生命科学学院（海洋学院）

机械工程学院

信息科学技术学院（阿里云大数据学院、计算机科学与技术学院）（专用集成电路设计重点实验室挂靠）

电气工程学院

纺织服装学院

医学院（护理学院）（临床技能训练中心挂靠）

公共卫生学院

体育科学学院

艺术学院（建筑学院）

地理科学学院

交通与土木工程学院（交通学院）（交通运输工程研究院挂靠）

药学院

国际教育学院

张謇学院

通科微电子学院

现代家纺产业学院

神经再生重点实验室（与神经科学系、神经再生协同创新中心合署）

特种医学研究院（与航海医学系、航海医学研究所、疼痛医学研究院合署）      

智能信息技术研究中心